В 1656 году ставший за шесть лет до этого патриархом и только что начавший церковную реформу Никон распорядился о строительстве нового монастыря. Вполне в духе господствовавшей идеологии "Москва — Третий Рим", монастырь должен был стать религиозным центром всего православного мира. По замыслу, он должен был копировать сооружения Святой Земли (и называться Новый Иерусалим), а главный собор — храм Гроба Господня в Иерусалиме.
Реку Истру переименовали в Иордан (Иордань). Также окрестные холмы и деревни получили новые, библейские, названия, как то Вифания, горы Фавор и Елеон, поток Кедрон.
Для пущего сходства, в Палестину был командирован монах Арсений Суханов, который произвел обмеры и составил чертежи храмов. Масштабы Нового Иерусалима были намеренно уменьшены по сравнению с Иерусалимом настоящим, так что монастырь представлял собой именно образ Святой Земли, а не попытку ее собой заменить.
В 1658 году на насыпанном холме в излучине Истры началось строительство собора. Сам Никон в 1658 году из-за явных разногласий с царем Алексеем Михайловичем объявил, что слагает с себя патриарший сан, и до 1664 года жил в скиту в Новоиерусалимском монастыре. Затем он все же вернулся в Москву, где в 1666 году был лишен сана и сослан в Кирилло-Белозерский монастырь. Уже при новом царе, Федоре Алексеевиче, он смог получить разрешение вернуться в Новый Иерусалим, но умер по дороге. Никон был похоронен в Новоиерусалимском монастыре.
После опалы и смерти Никона монастырь не был заброшен. Напротив того, строительство в 1678 году было возобновлено. В конце XVII века деревянную монастырскую ограду заменили на каменную стену с башнями и надвратной церковью. Перестройка велась по проекту одного из самых знаменитых русских зодчих Якова Григорьевича Бухвостова.
Традиция привлекать к строительству монастыря лучших архитекторов впоследствии была продолжена — так, когда в 1723 году обрушился шатер над часовней Гроба Господня, его восстановлением занялся Франческо Бартоломео Расстрелли. В позднейших перестройках участвовали Матвей Федорович Казаков, Андрей Никифорович Воронихин и Константин Андреевич Тон.
Уже в правление Петра, В 1698 году у стен монастыря произошло сражение между восставшими стрелецкими войсками и верными правительству частями под руководством генералиссимуса Алексея Шеина. Стрельцы были разгромлены и большая их часть позже казнена, что открыло дорогу петровским реформам.
Как раз при Петре в первой половине XVIII века монастырь пережил упадок — именно тогда обрушился шатер, но позже постепенно превратился во влиятельный религиозный и культурный центр. Он обладал одной из богатейших в стране библиотек. Практически все известные нам фигуры русской истории и культуры второй половины XVIII и первой половины XIX века побывали тут как паломники.
После революции монастырь был закрыт и в 1921 году превращен в музей. Во время трехнедельной оккупации в 1941 году музей был разграблен, а монастырь взорван — разрушены башни и колокольня, сильно поврежден собор. Сейчас Новоиерусалимский монастырь практически весь восстановлен, а с 1994 года является действующим.
В центре монастыря находится Воскресенский собор, который строился с 1658 по 1685 год.
Его планировка довольно точно соответствует прототипу — храму Гроба Господня в Иерусалиме. Внутренняя и внешняя отделка, придуманные лично Никоном, наоборот, совершенно другие.
Сам собор представляет из себя крестово-купольный одноглавый храм. С запада к собору пристроена часовня Гроба Господня с огромным шатром (высотой 18 метров). Ничего похожего в русской архитектуре не существует.
В северной части храма — Успенская церковь (действующая), в которой находится ладонь великомученицы Татьяны — главная святыня монастыря.
Наконец, с востока пристроена полуподземная церковь Константина и Елены.
Подземная церковь была освящена в 1690 году в честь равноапостольного византийского императора Константина и его матери равноапостольной Елены. В первой трети XVIII века вокруг подземного храма Константина и Елены вырыли ров глубиной 6 метров, чтобы предохранить стены храма от влаги, в последствии ров был облицован белым камнем, также в XVIII веке плоские крыши-гульбища храма сделали двускатными. Ко входу в храм ведут вниз 33 ступеньки ровно на тот уровень земли, по которому ходила княгиня Елена.
Большая часть строений монастыря была возведена в короткий период в конце XVII века. С западной стороны от собора стоят в ряд Больничные палаты (1698), Трапезные палаты с церковью Рождества Христова (1686-1692, символизирует Вифлеем) и палаты архимандрита (1750). Углом к ним вдоль северо-восточной стены построены дворец царевны Татьяны Михайловны (конец XVII века) и братский корпус. Рядом — Кузнечные палаты (1690-1694). Ограда монастыря была построена в 1690-1694 годах (архитектор Яков Григорьевич Бухвостов) и включает восемь башен — Гефсиманская, Сионская, Давидов Дом, Елизаветинская надвратная (только такой в Иерусалиме не было), Иноплеменничья, Варуха, Ефремова, Дамасская. Бухвостов построил также святые ворота с надвратной Входоиерусалимской церковью (1694-1697), к которым примыкают Наместничьи и Караульные палаты.
Интерьер надвратной Входоиерусалимской церкви
Весь комплекс богато украшен изразцами. В соборе даже был единственный в России полностью изразцовый иконостас, из десяти панелей которого сохранились семь.
За Елизаветинскими воротами монастыря находится Гефсиманский сад. Собственно, сада там давно нет, сейчас это просто парк в излучине реки Истры. Когда-то в саду были протоки (остатки от них еще заметны), которые образовывали остров. На этом острове, примерно в трехстах метрах от монастырской стены, жил патриарх Никон во время своего шестилетнего пребывания в монастыре. Скит патриарха Никона (1658) сохранился до сих пор. Это четырехэтажное здание, в котором размещались две церкви (на первом и последнем этажах), хозяйственные помещения, кельи, в том числе келья самого Никона (на последнем этаже, рядом с церковью). Кроме очевидного исторического значения, скит еще и представляет собой редкий пример жилого дома XVII века.
